Näytteistä tutkittua tietoa

FHRB biopankkitutkimukset

 

2021

Tutkimuksen nimi: aCOX-2-autovasta-aineet hematologisissa sairauksissa

Päätutkija: Satu Mustjoki, Hematology Research Unit, Helsingin yliopisto

Tutkimuksen tavoitteena on saada tietoa anti-COX-2 (aCOX-2) autovasta-aineiden yleisyydestä ja kliinisestä merkityksestä hematologisissa sairauksissa. Suuren kohortin analyysin avulla voidaan määrittää aCOX-2-autovasta-aineen spesifisyys aplastisessa anemiassa ja luonnehtia sen käyttökelpoisuutta erotusdiagnostisena työkaluna luuytimen vajaatoimintasairauksissa. Seuraavissa vaiheissa laajennamme tutkimusta entisestään arvioimalla, voidaanko kyseistä merkkiainetta käyttää aplastisen anemian erottamiseksi muista hematologisista sairauksista. Tavoitteenamme on myös tutkia, ovatko aCOX-2-autovasta-aineet osallisena aplastisen anemian patogeneesissä.

***

Tutkimuksen nimi: Optical genome mapping -teknologian käyttö sytogenetiikan tutkimusmenetelmänä KLL- ja MDS- potilailla

Päätutkija: Tuomo Mantere, Oulun yliopisto

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää, soveltuuko uusi optimal genome mapping (OGM) -teknologia sytogenetiikan testausmenetelmäksi KLL- ja MDS -potilailla. Tutkimuksessa selvitetään erityisesti, pystytäänkö menetelmän avulla tunnistamaan nykyisillä klassisilla sytogenetiikan menetelmillä tunnistettavat kromosomipoikkeavuudet sekä myös uusia, mahdollisesti kliinisesti merkityksellisiä, rakenteellisia variantteja (SV).

***

Tutkimuksen nimi: Lääkesensitiivisyys ja genomiset analyysit kypsien T-solujen lymfoomissa/leukemioissa (MaTCL)

Päätutkija: Satu Mustjoki, Hematology Research Unit, Helsingin yliopisto

Tutkimuksen tarkoituksena on parantaa T-PLL- ja T-LGLL-leukemioiden lääkehoidon tehoa ja turvallisuutta. Tutkimuksessa testataan käytössä olevia ja uusia, STAT-inhibiittoreihin perustuvia, syöpälääkkeitä primaarissa MaTCL:ssa.

***

Tutkimuksen nimi: Pahanlaatuisten myeloidisten tautien immunoterapiakohteiden epidemiologinen kartoitus

Päätutkija: Markus Vähä-Koskela, Suomen molekyylilääketieteen instituutti (FIMM), Helsingin yliopisto

Tutkimuksen tavoitteena on ymmärtää myelodysplastisten syndroomien (MDS) ja akuutin myeloidisen leukemian (AML) kehittymistä yksittäisen solun tasolla sekä selvittää potilaiden soveltuvuutta uusiin immuuniterapiahoitoihin.

***

Tutkimuksen nimi: FinnGen: Geneettisen datan ja terveysrekisterien yhdistäminen uusien potentiaalisten lääkeaihioiden tunnistamiseksi

Päätutkija: Aarno Palotie, Helsingin yliopisto

FinnGen on julkisen ja yksityisen sektorin yhteinen tutkimushanke, jonka tavoitteena on sairauksien taustalla olevien geneettisten mekanismien parempi ymmärtäminen sekä uusien lääkehoitojen kehittäminen yhdistämällä genomi- ja terveystietoa 500 000 suomalaisesta.

*** 

2020

Tutkimuksen nimi: Leukemian käynnistävät solut akuutissa myelooisessa leukemiassa: hypoksian/HIF-reitin vaikutus kemoresistanssiin ja relapsiin

Päätutkija: Talia Velasco Hernandez, Josep Carreras Leukaemia Research Institute, Espanja

Tämän tutkimuksen tavoitteena on analysoida transkriptomiaa eri spesifisten sytogeneettisten ryhmien AML-näytteiden leukemian käynnistävien solujen yksisoluisella RNA-sekvensoinnilla.

***

Tutkimuksen nimi: DNA-metylaatio biomarkkerina ja hoidon kohteena T-solujen akuutissa lymfoblastileukemiassa

Päätutkija: Riikka Lund ja Riina Kaukonen, Turun yliopisto

Tämän tutkimuksen tavoitteena on karakterisoida klonaalisen DNA-metylaation ja vastaavan RNA:n ilmentymistä yksittäisten lasten, nuorten aikuisten (19–40 vuotta) ja aikuisten (yli 40 vuotta) lääkeresistenttien/-responsiivisten fenotyyppien osalta T-ALL-potilaiden soluissa sellaisten DNA-metylaation biomarkkereiden tunnistamiseksi, joilla voidaan ennustaa hoidon tulosta.

***

Tutkimuksen nimi: Myelodysplastista oireyhtymää sairastavien potilaiden kantasolupesän mikroRNA-kontrolloidun toimintahäiriöisen T-solulokeron tutkimus

Päätutkija: Dagmar Quandt, Institute for Anatomy and Cell Biology, Martin Luther University Halle-Wittenberg, Saksa

Tämän tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa poikkeavasti ilmentyneet solutyyppispesifiset (T-solut, progenitorikantasolut) mikroRNA-profiilit pieniriskisillä ja suuririskisillä MDS-potilailla ja ei-MDS-kontrolleilla ja selvittää dysreguloidun T-solulokeron vaikutus sairauden alkamiseen ja etenemiseen. Lopullinen tavoite on ehdottaa mikro-RNA:ihin ja/tai T-soluihin liittyviä uusia hoitokeinoja, joilla voidaan kontrolloida pieniriskisen MDS:n etenemistä suuririskiseksi MDS:ksi.

***

Tutkimuksen nimi: Immuunivalvonta ja lenalidomidin lopettaminen del5q MDS -potilailla

Päätutkija: Mikko Myllymäki, Hematology Research Unit Helsinki, Helsingin yliopisto

Tämän tutkimuksen tavoitteena on analysoida del5q- myelodysplastisen oireyhtymän näytteiden (MSD) immunofenotyyppejä ja määrittää niiden vasteet lenalidomidihoitoon.

***

Tutkimuksen nimi: Luuydinsolujen molekyylisormenjäljet, MORE

Päätutkija: Merja Heinäniemi, Biolääketieteen yksikkö, Itä-Suomen yliopisto

Tämän tutkimuksen yleisenä tavoitteena on valjastaa luuydinsolujen koko molekyylisormenjälki kliinisesti merkityksellisten solujen tilojen tarkkaan tunnistamiseen.

***

Tutkimuksen nimi: Clever-1:n rooli akuutissa myelooisessa leukemiassa (AML)

Päätutkija: Sirpa Jalkanen, MediCity, Turun yliopisto

Tämän tutkimuksen tavoitteena on analysoida Clevegen-immunoterapian vaikutuksia AML-solujen toimintaan ja elinkelpoisuuteen käyttämällä AML- potilailta kerättyä luuydintä.

*** 

2019

Tutkimuksen nimi: To identify the AML blast population responsible for relapse in FLT3-ITD+/NPM1- AML patients using single cell RNA seq

Päätutkija: Eva Szegezdi, National University of Ireland, Irlanti

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on tunnistaa, mitkä akuutissa myelooisessa leukemiassa esiintyvät solupopulaatiot osallistuvat relapsin kehittymiseen.

***

Tutkimuksen nimi: Early detection of relapsed AML in children

Päätutkija: Henrik Hasle, Aarhus University Hospital Skejby, Tanska

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on selvittää lasten akuutin myelooisen leukemian seurantamahdollisuuksia potilaskohtaisten geneettisten markkereiden avulla.

***

Tutkimuksen nimi: Drug sensitivity testing and molecular profiling of plasma cell dyscrasias to identify novel treatments and the indicators of response

Päätutkija: Caroline Heckman, Suomen molekyylilääketieteen instituutti, Helsingin yliopisto

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on tunnistaa uusia lääkeaineita multippelin myelooman, plasmasoluleukemian ja amyloidoosin hoitoon.

Tutkimuksesta syntyneet julkaisut:

Miettinen et al 2021: Aminopeptidase Expression in Multiple Myeloma Associates with Disease Progression and Sensitivity to Melflufen. Cancers 13 (7); 1527. https://doi.org/10.3390/cancers13071527

Liu, Minxia el al 2021: S100 Calcium Binding Protein Family Members Associate With Poor Patient Outcome and Response to Proteasome Inhibition in Multiple Myeloma. Frontiers in Cell and Developmental Biology 9. https://doi.org/10.3389/fcell.2021.723016

***

Tutkimuksen nimi: The determinants of drug response in acute lymphoblastic leukemia

Päätutkija: Caroline Heckman, Suomen molekyylilääketieteen instituutti, Helsingin yliopisto

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on parantaa lasten ja nuorten aikuisten akuutin lymfaattisen leukemian hoitoa.

***

2018

Tutkimuksen nimi: Genome-wide association study of acute myeloid leukaemia (AML)

Päätutkija: James Allan, Northern Institute for Cancer Research, Newcastle University, Iso-Britannia

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on löytää uusia akuuttiin myelooiseen leukemiaan assosioituvia geenivariantteja.

***

Tutkimuksen nimi: Improving outcome for patients with Poor Risk Acute Myeloid Leukaemia

Päätutkija: Jude Fitzgibbon, Barts Cancer Institute, Queen Mary University of London, Iso-Britannia

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on vahvistaa ymmärtystämme moninaisista geneettisistä ja biokemiallisista tekijöistä, joita huonon ennusteen akuutin myelooisen leukemian taustalla esiintyy. Tavoitteena on löytää uusia kohteita lääkkeille ja markkereita, joilla näistä lääkkeistä hyötyvät potilaat voitaisiin tunnistaa.

***

Tutkimuksen nimi: Comprehensive profiling of chronic (CMML) and juvenile (JMML) myelomonocytic leukemia aiming to identify novel targets for treatment

Päätutkija: Satu Mustjoki, Hematology Research Unit Helsinki, Helsingin yliopisto

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on löytää uusia hoitomuotoja kroonisen myelomonosyyttisen leukemian ja nuorten myelomonosyyttisen leukemian hoitoon.

***

Tutkimuksen nimi: Activity of the peptidase enhanced alkylating agent melflufen in light chain amyloidosis and indicators of response

Päätutkija: Caroline Heckman, Suomen molekyylilääketieteen instituutti, Helsingin yliopisto

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on parantaa ymmärtämystämme AL-amyloidoosin molekyyligeneettisestä taustasta ja tutkia melflufen-lääkeaineen käytettävyyttä sairauden hoidossa.

Tutkimuksesta syntyneet julkaisut:
Flanagan et al 2022: The Peptide–Drug Conjugate Melflufen Modulates the Unfolded Protein Response of Multiple Myeloma and Amyloidogenic Plasma Cells and Induces Cell Death. HemaSphere 6 (3). https://doi.org/10.1097/HS9.0000000000000687

*** 

2017

Tutkimuksen nimi: Assessment of plasma cell content and viability of biobanked multiple myeloma bone marrow samples

Päätutkija: Caroline Heckman, Suomen molekyylilääketieteen instituutti, Helsingin yliopisto

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on arvioida biopankkiin kerättyjen luuydinnäytteiden laatua multippelia myeloomaa sairastavien potilaiden antamien näytteiden osalta.

***

Tutkimuksen nimi: Integrated platform of novel glycomic and proteomic approaches to investigate structural and functional changes of blood malignancies including: Multiple Myeloma (MM), Acute Myeloid Leukemia (AML) and Amyloidosis.

Päätutkija: Peter O'Gorman, Mater Misericordiae University Hospital, Irlanti

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on selvittää verisyöpien etenemistä ja lääkevastetta proteomi- ja glykomiprofilointien avulla multippelin myelooman, akuutin myelooisen leukemian ja amyloidoosin osalta.

Tutkimuksesta syntyneet julkaisut:

Dowling et al 2021: Identification of Protein Biomarker Signatures for Acute Myeloid Leukemia (AML) Using Both Nontargeted and Targeted Approaches. Proteomes 9 (4); 42. https://doi.org/10.3390/proteomes9040042

***

Tutkimuksen nimi: Next generation leukemia diagnostics and therapy through p53 isoforms analysis

Päätutkija: Bjørn Tore Gjertsen, University of Bergen, Norja

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on tutkia p53 proteiinin eri versioiden (isoformien) esiintyvyyttä primaarisessa akuutissa myelooisessa leukemiassa ja arvioida voitaisiinko niitä hyödyntää diagnostisina markkereina hoitoa suunniteltaessa.

*** 

2016

Tutkimuksen nimi: Clonal lymphopoiesis in the pathogenesis of bone marrow failure syndromes

Päätutkija: Satu Mustjoki, Hematology Research Unit Helsinki, Helsingin yliopisto

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on kartoittaa aplastista anemiaa tai myelodysplastista oireyhtymää (MDS) sairastavien potilaiden lymfaattisissa soluissa esiintyviä somaattisia mutaatioita. Havaitut mutaatiot karakterisoidaan ja niiden toiminnallinen vaikutus selvitetään. Tarkoituksena on myös löytää uusia kohteita lääkeaineille.

Tutkimuksesta syntyneet julkaisut:

Lundgren et al 2021: Somatic mutations in lymphocytes in patients with immune-mediated aplastic anemia. Leukemia 35; 1365-1379. https://doi.org/10.1038/s41375-021-01231-3.

***

Tutkimuksen nimi: Towards curative therapy of Philadelphia chromosome-positive acute lymphoblastic leukemia

Päätutkija: Satu Mustjoki, Hematology Research Unit Helsinki, Helsingin yliopisto

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on löytää uusia vaihtoehtoja Philadelphia-kromosomi positiivisen akuutin lymfaattisen leukemian hoitoon. Tarkoituksena on myös selvittää, mitkä molekulaariset ja soluspesifiset merkkiaineet ennustavat hoitovastetta tyrosiinikinaasi-inhibiittoreille, jotta voitaisiin mahdollisimman aikaisessa vaiheessa tunnistaa potilaat, jotka eivät tarvitse kantasolusiirtoa.

Tutkimuksesta syntyneet julkaisut:

Hohtari et al 2022: Copy number alterations define outcome in Philadelphia chromosome-positive acute lymphoblastic leukemia. Haematologica 107(8):1971-1976. https://doi.org/10.3324/haematol.2021.280578

Hohtari et al 2022: Targeting Apoptosis Pathways With BCL2 and MDM2 Inhibitors in Adult B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia. Hemasphere 6 (3). https://doi:10.1097/HS9.0000000000000701

Hohtari et al 2019: Immune cell constitution in bone marrow microenvironment predicts outcome in adult ALL. Leukemia 33; 1570-1582. https://doi.org/10.1038/s41375-018-0360-1

Dufva et al 2019: Integrated drug profiling and CRISPR screening identify essential pathways for CAR T cell cytotoxicity. Blood 135 (9); 597-609. https://doi.org/10.1182/blood.2019002121

***

Tutkimuksen nimi: Molecular Genetics and Biology of Myeloproliferative Neoplasms

Päätutkija: Outi Kilpivaara, Genomibiologian tutkimusohjelma, Helsingin yliopisto

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on selvittää, miten geneettiset tekijät vaikuttavat myeloproliferatiivisten tautien (esim. polysytemia vera, essentielli trombosytoosi ja myelofibroosi) syntyyn ja kliiniseen kuvaan. Tarkoituksena on parantaa näiden tautien diagnostiikkaa ja hoitoa.

***

Tutkimuksen nimi: Genetics of myelodysplastic syndrome and acute leukemias in Finland – focus on germline variation

Päätutkija: Outi Kilpivaara, Genomibiologian tutkimusohjelma, Helsingin yliopisto

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on selvittää, miten geneettiset tekijät vaikuttavat myelodysplastisen syndrooman ja akuutin myelooisen leukemian syntyyn ja kliiniseen kuvaan. Erityisenä tutkimuskohteena ovat periytyvät geneettiset tekijät.

Tutkimuksesta syntyneet julkaisut:

Wartiovaara-Kautto et al 2018: Germline alterations in a consecutive series of acute myeloid leukemia. Leukemia 32;2282-2285. https://doi.org/10.1038/s41375-018-0049-5

Douglas et al 2019: ERCC6L2 defines a novel entity within inherited acute myeloid leukemia. Blood 133 (25); 2724-2728. https://doi.org/10.1182/blood-2019-01-896233

***

Tutkimuksen nimi: Assessment of the possibilities of molecular medicine in sensitive diagnostics and personalized therapy response evaluation in myelodysplastic syndromes and related myeloid malignancies (MDS-MOLE-2015)

Päätutkija: Freja Ebeling, Hematologian poliklinikka, HUS
Tämän tutkimuksen tarkoituksena on parantaa myelodysplastisen syndrooman diagnostiikkaa ja hoitoa geneettisiä markkereita tutkimalla.

***

Tutkimuksen nimi: A systems medicine study to identify novel therapies for blood cancer patients

Päätutkija: Caroline Heckman, Suomen molekyylilääketieteen instituutti, Helsingin yliopisto
Tämän tutkimuksen tarkoituksena on löytää uusia hoitomuotoja ja hoitojen onnistumista mittaavia vasteindikaattoreita eri verisyöpiä vastaan muun muassa lääkesensitiivisyysprofilointien ja eksomi- ja RNA-sekvensointien avulla.

***

2015

Tutkimuksen nimi: Personalized Systems Medicine Strategy for Acute Myeloid Leukemia

Päätutkija: Olli Kallioniemi, Science for Life Laboratory, Karolinska Institutet, Ruotsi

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on selvittää laboratorio-oloissa akuuttia myelooista leukemiaa sairastavien potilaiden leukemiasolujen vastetta useille sadoille lääkeaineille. Saatu tulos yhdistetään solujen geneettiseen, transkriptomiseen ja proteomiseen profiilin. Tavoitteena on ymmärtää paremmin, mitkä tekijät vaikuttavat hoitovasteen syntyyn.

Tutkimuksesta syntyneet julkaisut:

Ianevski et al 2021: Patient-tailored design for selective co-inhibition of leukemic cell subpopulations. Science advances 7 (8). https://doi.org/10.1126/sciadv.abe4038

***

Tutkimuksen nimi: Novel molecular markers for disease activity of acute myeloid leukemia

Päätutkija: Jukka Westermarck, Turun biotekniikan keskus, Turun yliopisto ja Åbo Akademi

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on tunnistaa uusia merkkiaineita, jotka voisivat ennustaa akuuttia myelooista leukemiaa sairastavan potilaan hoitovastetta jo diagnoosihetkellä. Tutkimusryhmä on erityisen kiinnostunut geneettisistä markkereista.

Tutkimuksesta syntyneet julkaisut:

Mäkelä et al 2021: Discovery of a Novel CIP2A Variant (NOCIVA) with Clinical Relevance in Predicting TKI Resistance in Myeloid Leukemias. Clin Cancer Res 27 (10); 2848-2860. https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-20-3679

Mäkelä et al 2019: Arpp19 Promotes Myc and Cip2a Expression and Associates with Patient Relapse in Acute Myeloid Leukemia. Cancers 11; 1774. https://doi.org/10.3390/cancers11111774